В ней подверглись значительной переработке алгоритмы символьного решения обыкновенных дифференциальных уравнений; теперь они охватывают все классические методы. Обновлены статистические алгоритмы, что ускорило многие операции, от простых типа гармонических средних до линейной и нелинейной регрессии. Например, линейная регрессия в Mathematica 4.1 работает теперь почти в 100 раз быстрее. Существенно усовершенствованы операции сравнения по шаблону. Осуществлена интеграция с Java. Расширены возможности экспорта и импорта данных в формате MathML. Наконец, появились новые стандартные приложения, позволяющие вычислять кратные интегралы по области, заданной неравенствами и кусочно-непрерывными функциями, отображать логические комбинации в области действительных чисел на плоскости и в пространстве, выполнять дискретные тригонометрические преобразования.