Прежде всего, изменена сама технология автоматической защиты (Shell). Ранее благодаря технологии Shell осуществлялась защита от использования отладчиков только за счет шифрования исходного файла в связке с ключом. В последней версии ToolKit, кроме шифрования, реализована технология запутывания исходной программы (обфускации, obfuscating), что защищает исходный код от инженерного анализа. Эта усовершенствованная технология защиты получила название CodeCover.
До выхода ToolKit 1.3.0 конфигурационный файл для защищенного приложения имел фиксированное имя — sntlconfig.xml. Теперь можно использовать файлы с произвольными именами. Указать приложению на конфигурационный файл можно с помощью новой функции SFNTSetCofigFile (). Настройка сервера лицензий теперь может проводиться с помощью Web-интерфейса монитора лицензий. Для сервера лицензий Sentinel Keys Server добавлена поддержка протокола TCP/IPv6.