В ходе проектирования Qubes OS Рутковска использовала опыт, полученный ею четыре года назад в процессе виртуализации руткита и создания Blue Pill. Строительными элементами для Qubes OS служат виртуальные машины Xen, внутри которых пользователи формируют группы приложений. Виртуальные машины, созданные на платформе Linux, запускаются на едином аппаратном модуле под управлением гипервизора Xen. При этом приложения, используемые на работе, хранятся отдельно от приложений, используемых дома. Таким образом, если пользователь заходит на какой-то инфицированный сайт, червь может поразить только ту виртуальную машину, на которой запущен браузер, и не затрагивает другие виртуальные машины, работающие на том же самом оборудовании. В результате червь изолируется, а на приложениях, функционирующих на других виртуальных машинах, это не отражается. Рутковска и специалисты ее компании Invisible Things занимались проектированием Qubes OS на протяжении шести месяцев. Сама она использует Qubes OS на компьютере Mac Book для работы, совершения покупок, проведения банковских операций, выхода в Интернет и проектирования Qubes.